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L'analyse des résultats de puces à ADN
Sur cette page vous trouverez des tutoriels pour l'analyse des données
de puces à ADN ainsi que les logiciels et outils que nous utilisons sur
la plate-forme pour l'analyse des puces à ADN. Toutes les références
et tous les fournisseurs mentionnés dans les pages ci-dessous sont ceux
que nous avons l'habitude d'utiliser. Toutefois il n'y a aucune obligation à
utiliser ces méthodes, produits et fournisseurs particuliers. N'oubliez
d'aller aussi voir dans la section "formation"
de ce site web. De nombreuses ressources, cours et exemples pratiques y sont
disponibles pour vous aider.
- L'analyse des images de
puces
Dans cette partie, vous trouverez des tutoriels sur la façon
d'analyser l'image après lecture des lames ainsi que les références
aux logiciels que nous utilisons.
- La normalisation des puces
à ADN
Dans cette partie du site vous trouverez les tutoriels et outils que
nous utilisons pour la normalisation des résultats de nos puces
à ADN.
Liens directs vers les outils locaux : Arrayplot
| VARAN
- Le prétraitement des
matrices d'expression
Les tutoriels de cette page vous permettront d'appliquer différents
traitements à vos données d'expression avant de chercher
des gènes exprimés de façon différentielle
ou des gènes co-régulés.
Liens vers les miroirs locaux : GEPAS
- Comment trouver
des gènes exprimés de façon significative ?
Les tutoriels disponible dans cette section vous montrerons comment
à partir de plusieurs expériences répétées
vous pouvez obtenir à l'aide de méthodes statistiques
une liste de gènes significatifs.
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- Le regroupement (clustering)
Les tutoriels de cette section vous aiderons à classer les gènes
en catégories quand les résultats de vos puces à
ADN proviennent d'expériences différentes.
- L'exploration des données
Tous les outils développés pour faciliter la représentation
et la comparaison des résultats obtenus avec les puces à
ADN sont décrit ici.
Liens directs vers les ressources locales : yMGV
| yTAFNET | MiCoViTo
- Gestion des données
Une évaluation des bases de données existantes pour permettre
un choix en adéquation avec sa problématique de recherche
et les buts que l'on se fixe.
- Excel pour la génomique
Tutoriel sur comment utiliser Excel de façon efficace sur des
feuilles de calculs contenant plusieurs millier de lignes de données.
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Les différentes étapes d'une expérience
de puces à ADN où la bioinformatique est impliquée :
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